Merpati Kini
Tahun 2007, Merpati mulai melaksanakan program revitalisasi dan modernisasi pesawat secara parsial. Merpati sedang bergelut dengan masalah keuangan, terutama armada perintis, dengan memesan 14 pesawat Xian MA60 dari Xian Aircraft China. Merpati juga sempat menyewa 1 ATR 72. Namun kemudian dikembalikan karena dianggap tidak ekonomis (beberapa sumber mencetuskan bahwa ATR hanya disewa sementara, menunggu tambahan MA60) . Merpati juga mengumumkan akan memainkan pembelian 11 pesawat 30-kursi untuk rute domestik.
Kemudian, pada 7 Mei 2011 sebuah pesawat Xian MA60 (PK-MZK) jatuh di perairan Kaimana, menewaskan seluruh penumpangnya yang berjumlah 27 orang (21 penumpang dan 6 kru). Kecelakaan ini menambah panjang daftar kecelakaan yang melibatkan armada perintis Merpati.
Kecelakaan terakhir yang dialami Merpati adalah pada 2 Agustus 2009, dimana sebuah Twin Otter jatuh di pegunungan di Papua, menewaskan seluruh 16 penumpangnya (13 penumpang dan 3 kru). Setelah kecelakaan di Kaimana, banyak pihak mempertanyakan keputusan Merpati memainkan pembelian pesawat Xian MA60 tersebut, serta dugaan mark-up dan kolusi yang terjadi saat proses pembeliannya.
Pada Juli 2011, Pemerintah dan DPR menyetujui penyuntikan modal senilai Rp16 miliar ke Merpati dalam APBN 2012.[6]. Kemudian, di bulan Oktober 2011, Pertamina menghentikan pasokan avtur ke Merpati di Surabaya dan Makassar dampak hutang biaya pembelian avtur senilai Rp270 miliar, sehingga menghentikan operasi Merpati dari kedua bandara tersebut.
Pada Maret 2012, Merpati sempat meluncurkan program "Tahun Emas Merpati Nusantara". Agenda peluncuran yang disaksikan langsung oleh Menteri BUMN Dahlan Iskan dan duta maskapai Merpati Deddy Mizwar ini memberikan garansi OTP (On Time Performance) yang dinamai "On Time Guarantee".
Mei 2012 , Letak tertinggi Merpati yang dipegang oleh Sardjono Jhony dialihkan oleh Rudy Setyopurnomo. Rudy Setyopurnomo ditunjuk langsung oleh Menteri BUMN Dahlan Iskan untuk mendorong Merpati bisa keluar dari keterpurukan. Sejak dipegang Rudy Setyopurnomo, Merpati melakukan gebrakan-gebrakan seperti menutup 20 rute yang merugi, Website baru, Call Centre 24 Jam dan City Check-in di 9 kota, hingga Kerja Sama Pengangkutan Cargo dengan PT.POS Indonesia dan akan fokus meningkatkan Load Factor menjadi 85 persen yang sebelumnya hanya 69 persen.
Pada Agustus 2013 , Lantaran kondisi nya tak kunjung pulih Menteri BUMN kala itu,Dahlan Iskan menunjuk PPA untuk menyelamatkan Merpati sekaligus mengganti Dirut Merpati yang merupakan mantan Dirops (Direktur Operasi) Merpati Era Rudy Setyopurnomo yaitu Capt Asep Eka Nugroho. Namun kondisi Merpati juga belum ada perubahan yang berfaedah justru Pertamina semakin kesal dengan Merpati lantaran terus menunggak Avtur yang kemudian Pertamina meng-embargo Avtur Merpati di beberapa kota tujuan Merpati seperti Palembang, Lampung, Jakarta, Bandung, Semarang dan Yogyakarta. Untung nya Merpati sedang mampu beroperasi di Hub lain nya yaitu Surabaya, Makassar dan Denpasar.
Desember 2013, 2 unit Armada nya ditarik oleh Lessor karena Merpati menunggak sewa Pesawat 1 B737-300 (PK-MDU) dan 1 B737-400 (PK-MDR). Pesawat ini memperkuat armada Merpati sejak 2012.
Memasuki 2014, Kondisi Merpati belum juga pulih. Merpati disarankan mencari investor strategis untuk membikin anak perusahaan bersama, selain itu Merpati disarankan menjual anak Perusahaan nya MMF (Merpati Maintenance Facility) dan MCS (Merpati Catering Service) ke PPA untuk membayar Gaji Karyawan, Fuel serta Asuransi.
Pada 1 Februari 2014 Merpati menangguhkan seluruh penerbangan dikarenakan masalah keuangan yang bersumber dari berbagai hutang.
Merpati resmi dinyatakan pailit berdasarkan putusan Pengadilan Niaga pada Pengadilan Negeri (PN) Surabaya. Putusan pailit itu ditetapkan dalam sidang pada 2 Juni 2022.
Dalam Sistem Informasi Penelusuran Perkara (SIPP) PN Surabaya, Selasa (7/6/2022), permohonan kepailitan Merpati Airlines diajukan oleh PT Perusahaan Pengelola Aset (Persero) atau PPA pada 25 April 2022 lalu dengan nomor perkara 5/Pdt.Sus-Pailit-Pembatalan Perdamaian/2022/PN.Niaga Sby.
