Salah satu fokus kerja sama AS dan Indonesia di Morotai ialah perlindungan kawasan kelautan, sehingga turut mendukung kelestarian maritim, serta industri perikanan dan turisme.
Di Morotai, sektor perikanan yang menjadi fokus kedua belah pihak ialah penangkapan tuna berkelanjutan karena ikan tersebut merupakan komoditas strategis. Indonesia merupakan produsen tuna terbesar di dunia, dan AS merupakan menjadi pasar tuna terbesar dari Nusantara.
Pada 2016, Indonesia memproduksi tuna sejumlah 1,2 juta ton, atau 17% dari total produksi tuna global. Selanjutnya, AS mengimpor tuna dari Indonesia pada 2017 senilai US$1 miliar dengan volume 150.000 ton.
Pemerintah AS melalui USAID bekerja sama dengan pemerintah setempat, perusahaan, sejumlah lembaga, dan masyarakat untuk mempromosikan penangkapan ikan berkelanjutan dengan kemampuan keterlacakan (traceability).
Hasilnya, Indonesia bisa secara efektif mengatasi penangkapan ikan secara ilegal, menghentikan praktik penangkatan destruktif, dan meningkatkan akses ke pasar internasional.
